Третий сезон начинается через полгода после драматических событий второго. Город лежит в руинах, а главные герои Приматы и их подруги вынуждены объединиться после катастрофической энергетической диверсии, проведенной группировкой "Лариса". С наступлением зимы они ищут укрытие в московском метро, под управлением Барона, который берёт на себя руководство новой общиной. Но в условиях подземного выживания каждый из героев сталкивается с собственными страхами и трудностями, и никто не избежит тяжёлых испытаний. Непредсказуемая жизнь в подземелье раскрывает неожиданные стороны каждого. Гера, один из лидеров, неожиданно исчезает во время опасного выхода на поверхность, оставляя остальных в тревоге и недоумении. Юлик, бывший Хранитель Семени, который потерял память, становится игрушкой в руках Приматов. Но судьба сводит его с Радой, которая решает помочь ему восстановить утраченные воспоминания и обрести своё место в новом мире. Их дружба даёт надежду на лучшее, но также ставит перед выбором: остаться в безопасности или попытаться вернуть прошлое. Тем временем появляется таинственный Анатолий, некогда начальник Деда, с неожиданной миссией — он направляется в Москву, чтобы создать новую нейросеть, способную переписать будущее. Его появление меняет всё. Главные герои решают отправиться за ним, понимая, что это путешествие может стать самым сложным и опасным в их жизни. На их пути будут не только физические преграды, но и внутренние конфликты, испытания дружбы, верности и силы духа. Впереди их ждут неожиданные встречи, предательства и открытия, которые навсегда изменят их представления о мире и о себе.